Red Bull-föraren ledde Mercedes Lewis Hamilton och Aston Martins Fernando Alonso hem till pallen.
Det var trots att Alonso fick en snurr vid en omstart med två varv kvar och hamnade där bak.
Enligt FIA:s regelverk togs slutplaceringarna från den senaste omstarten, där bilarna sedan fick slutföra ett sista varv bakom säkerhetsbilen.
För att öka kontroversen fick Ferraris Carlos Sainz ett fem sekunders straff för att ha orsakat den avgörande kraschen i första kurvan genom att märka Alonsos bil, vilket sänkte honom från fjärde till 12:e plats och ut ur poängen.
Verstappens seger, tillsammans med en femteplats för hans lagkamrat Sergio Perez efter att mexikanen startade bakifrån, utökade holländarens mästerskapsledning till 15 poäng.
